松永康佑

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2026年5月10日 改訂

演習の動画

20240717_blender.mp4

20240717_blender.mp4

目次

はじめに

Blenderは、3DCG制作のためのソフトウェアである。Molecular Nodesアドオンを使うと、PDB構造やMDトラジェクトリをBlenderに読み込み、分子を高品質な静止画や動画として表現できる。

VMDはMDトラジェクトリを観察する道具、PyMOLは静的構造を詳しく読み解く道具として使う。このBlender演習では、構造解析そのものよりも、分子の形や動きを、見やすく、美しく、伝わる動画として表現することを目標にする。

この演習では、Villin headpieceのPDBファイルとDCDトラジェクトリを使い、5-10秒程度の短い分子動画を作成する。分子の読み込み、表示スタイル、ライト、カメラ、アニメーション、レンダリング、動画保存までを一通り体験する。

90分の到達目標

この演習が終わるまでに、次のことができるようになることを目標にする。

1. BlenderにMolecular Nodesを導入し、分子データを読み込める。
2. Villin headpieceのPDB/DCDを使って、分子のトラジェクトリを表示できる。
3. 分子の色、スタイル、太さ、背景、ライト、カメラを調整できる。
4. タイムライン上で分子の動きやカメラの動きを確認できる。
5. 5-10秒程度の短い分子動画を出力できる。