松永康佑

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2025年6月11日 更新

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目次

はじめに

VMD (Visual Molecular Dynamics)は、分子動力学シミュレーションの可視化と解析のための強力なソフトウェアツールである。1992年にイリノイ大学アーバナ・シャンペーン校の Klaus Schulten 研究室で開発が始まり、1995年に最初の公開版がリリースされた。VMDの開発は、分子動力学シミュレーションの結果を効果的に可視化し解析する必要性から生まれた。当時、計算機の性能向上により大規模な分子動力学シミュレーションが可能になりつつあったが、その膨大なデータを適切に扱うツールが不足していた。VMDは、この課題に対応するために設計された。

当初は比較的単純な分子の静的構造の表示から始まったが、その後急速に機能が拡張された。動的なトラジェクトリの表示、高度な解析ツール、スクリプト言語によるカスタマイズ機能などが次々と追加された。何よりもPyMOLに比べて動作が軽いことが利点であり、PyMOLでは動作が遅い分子動力学シミュレーションのデータの可視化において不可欠なツールとなっている。

VMDのインストール

  1. VMDの公式ウェブサイト( https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ )にアクセスする。
  2. 使用するOSに合わせたインストーラをダウンロードする。
  3. ダウンロードしたインストーラを実行し、画面の指示に従ってインストールを完了する。

Macの場合、以下の追加手順を実行するとより便利に使うことができる。

  1. ターミナルを開く。
  2. ~/.zshrcファイル（使用しているシェルに応じて）を編集して以下の行を追加する：
alias vmd="/Applications/VMD\\ 1.9.4a57-arm64-Rev12.app/Contents/MacOS/startup.command"

その後、source ~/.zshrcを実行して変更を反映させる。